cfDNA与CHIP

橙色雨丝

处于缓解期的恶性淋巴瘤患者在游离DNA中发现的基因突变可能来源于克隆性造血

Yasuhito Suehara Mamiko Sakata‐Yanagimoto Keiichiro Hattori Manabu Kusakabe Toru Nanmoku Taiki Sato Masayuki Noguchi Shigeru Chiba

摘要：

通过对游离DNA（cfDNA）进行分析可以检测出循环肿瘤DNA（ctDNA），并据此监测恶性淋巴瘤。然而，cfDNA的分析也可以发现与“意义不明的克隆性造血”（CHIP）相关的基因突变。这项研究旨在调查B细胞淋巴瘤患者cfDNA中检测到的基因突变的来源。

我们选择了MYD88/CD79B，DNMT3A，以及TP53作为重点调查的基因，分别代表以下几类：淋巴瘤的驱动性基因，CHIP相关的基因，与淋巴瘤和CHIP都相关的基因。

75例B细胞淋巴瘤患者被纳入这项回顾性研究。在达到完全代谢缓解（CMR）后，对血清cfDNA进行了TP53 (N = 75)和DNMT3A (N = 49)基因测序。对存在肿瘤样本的弥漫大B细胞淋巴瘤患者做了MYD88 p.L265P和CD79B p.Y196C/H 突变的分析(N = 29)。在处于CMR的患者的cfDNA中，发现2例TP53突变，7例DNMT3A突变。这些突变，或者发现也存在于骨髓单个核细胞（BMMC），或者发现也存在于外周血单个核细胞。尽管在肿瘤样本中也发现了4例DNMT3A突变，但是中位等位突变频率 (<1.0%)显著低于BMMC (6.1%)和治疗前的血清 (5.2%) 。相反的是，在治疗前的肿瘤样本中分别发现了5例MYD88突变和3例CD79B突变，但是在CMR的时候， BMMC或血清cfDNA中都没有发现这两个突变。因此，在缓解期cfDNA中发现的所有的TP53突变和DNMT3A突变似乎都来源于CHIP而不是残留疾病。对液体活检的结果的解读要特别谨慎，尤其是对那些与淋巴瘤和CHIP都相关的基因。

橙色雨丝

解读：

液体活检，这个名词目前非常时髦。“一滴血检测肿瘤”，有些是骗局，有些是噱头，但是，未来应该是可以实现的，只是目前我们不能够完全做到。随着二代测序（NGS）的逐渐普及，在淋巴瘤的治疗中，越来越多的患者被要求去做这样的检查，目的主要有两个：第一，辅助预后判断并寻找用药靶点；第二，监测疾病负荷。二代测序本身没有困难，现在有很多的平台，但是，拿到结果之后如何进行解读，才是困难的部分，当然，解读之后应该采取什么措施，是更困难的，因为还没有可靠的临床研究做指导，仍处于探索阶段。

有很多因素可以干扰对测序结果的解读，其中，CHIP（意义不明的克隆性造血）就是其中之一。CHIP是一种与年龄相关的现象，定义为造血干细胞或祖细胞携带某些非驱动性的基因突变而形成一个独特的亚组。CHIP，可以提高血液疾病的风险，但并不一定会导致任何一种血液疾病的发生，所以叫做“意义不明”。在做cfDNA检测的时候，可能会发现若干低频的非驱动性突变。对于上面的研究中所关注的几个基因来说，目前认为MYD88/CD79B是与B细胞淋巴瘤，特别是弥漫大B细胞淋巴瘤密切相关的，而与CHIP完全无关；DNMT3A是与CHIP相关的，而与B细胞淋巴瘤基本无关（EBV阳性的弥漫大B是个例外）；TP53基因则是与CHIP和淋巴瘤（以及其它至少一半以上的恶性肿瘤）都相关。

当患者拿到二代测序报告后，不要一看到各种突变，特别是TP53突变就吓哭了，一定要在适当的前提下来解读：检测的是肿瘤样本还是外周血/骨髓，是在治疗前，治疗期间还是治疗后做的检测，突变的类型和频率是多少，等等，任何一个变量，都会影响对结果的解读。对于医生来说，当然也是需要非常谨慎，特别是在缓解期间做“液体活检”的时候，对于TP53这种与CHIP和淋巴瘤都相关的基因，在cfDNA中存在的低频的突变不一定代表体内存在肿瘤残余，不能将其等同于ctDNA。

雁渡寒潭

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